A、生产上常利用细胞呼吸原理在真空环境下储存水果,抑制呼吸作用,减少有机物的消耗,延长保存期,属于细胞呼吸原理的应用,A错误;
B、定期排水,能促进农作物根细胞有氧呼吸,否则农作物幼根进行无氧呼吸产生酒精,会变黑、腐烂,造成危害,属于细胞呼吸原理的应用,B错误;
C、酿酒时:早期通气--促进酵母菌有氧呼吸,利于菌种繁殖,后期密封发酵罐--促进酵母菌无氧呼吸,利于产生酒精,属于细胞呼吸原理的应用,C错误;
D、施用农家肥可适当增加温室大棚内环境中的CO2浓度,增加作物光合作用强度,从而提高大棚蔬菜的产量,不属于细胞呼吸原理的应用,D正确.
故选:D.